stackoverflowの説明が端的でわかりやすい。Googleドライブ上のファイルがどのフォルダに入っているかは、いわゆるフォルダ構成とはイメージが異なる。Googleドライブであるファイルがどのフォルダに入っているのかは、Gmailのラベルに相当するものと考えればよい。同時に複数のフォルダに同一のファイルが所属できるのも、Gmailのラベルを思い出せばおかしなことではないだろう。

新しいファイルの生成は、ルートフォルダである「マイドライブ」で行われる。これは新しいファイルに「マイドライブ」のラベルが付いた状態だと思えばいい。Googleドライブ上でどこかのフォルダにファイルを移動させたければ、移動先のfolderに対してfolder.addFile(ファイル)を行ったうえで、「マイドライブ」フォルダからremoveFile()すればよい。addFileする前にファイルのgetParents()をしておけば、移動元のフォルダ（「マイドライブ」だろう）を取得できる

日本語だとGASで業務効率化 ~スプレッドシートからGoogleドキュメントを作成する~の説明通りにやればファイルを移動できる。ほかのサイトだと、copyして元のファイルを削除しているケースが見られるが、これだとcopyした意味がない。